本发明提供的一种系统文件的替换方法及装置，该方法包括：对系统文件进行检测，若检测到不可信系统文件，向云端数据库发出同步与不可信系统文件相关的数据的请求；接收云端数据库发出的同步数据，在同步数据中筛选不可信系统文件替换系统文件数据和替换系统文件的依赖系统文件数据；根据替换系统文件数据和依赖系统文件数据，确定替换系统文件和依赖系统文件在云端样本中心或云端公网的下载地址；根据下载地址获取替换系统文件和依赖系统文件，对不可信系统文件进行替换。该方法基于对不可信系统文件的替换，而不是对操作系统的重装，可以不损失用户的数据。