一种生物质复合肥加工系统，包括机架板、支撑板、电动齿轮减速箱、电动伸缩杆、稳压电源、轴承座、PLC、电源开关、发酵筒、电加热管、轴承座，还具有控制电路；机架板、支撑板、电动齿轮减速箱、电动伸缩杆、轴承座、发酵筒、电加热管、轴承座安装在一起，控制电路包括温度开关和输出子电路，温度开关安装在发酵筒侧端，触发子电路、PLC、电源开关、稳压电源安装在电控箱内，并和电动齿轮减速箱、电动伸缩杆、电加热管电性连接。一种生物质复合肥加工系统的加工方法包括五个步骤。本发明提高了热传递效率、节省了电能，利于肥料从发酵筒内卸出，减少了工作人员劳动强度并节省了费用支出；经轴承为电加热机构供电，有效保证了安全供电。