本申请提供了一种基于安全认证的办公自动化方法及系统，系统包括：指纹识别按键，安装在键盘的F键和J键上，用于采集食指的临时指纹数据；指纹识别模块，用于将所述临时指纹数据与预设指纹数据对比；控制模块，与键盘主板连接，用于计算和保存所述临时指纹数据与所述预设指纹数据的对比结果，并根据所述对比结果控制所述键盘主板与电脑主板之间的通讯连接状态。能够对用户的左手食指的临时指纹数据以及用户的右手食指的临时指纹数据进行监控，非机主用于使用键盘无法向电脑输入字符，避免非机主用于篡改办公文件的内容，相对于使用密码锁定而言，不需要记忆，不会出现遗忘的情况，且能够自动进行监控和锁定，安全性高，使用方便。