本发明提供了一种CAN总线ID的自动配置系统及方法，系统包括CAN总线及多个CAN设备；每个CAN设备包括微控制单元、CAN芯片、差分信号接口、输出信号接口、输入信号接口及参考地信号接口；每个CAN设备分别通过差分信号接口与CAN总线连接，每一个CAN设备的输出信号接口连接到下一个CAN设备的输入信号接口，形成手拉手的链式结构。本发明的有益效果在于：采用手拉手的链式结构的CAN总线ID的自动配置系统，在CAN总线下的CAN设备中，CAN主机设置一个IO输出信号接口，每个CAN从机设置一进一出2个IO信号接口，这些I/O信号接口通过级联，连接到CAN主机，在给CAN设备配置ID地址时，不需要连接任何额外设备，从而摆脱后台电脑或专用工装的限制。