本发明公开了一种多功能含氟硫化铜纳米探针及其制备方法。该方法通过超声乳化法，将油酸铜、两亲性聚合物和全氟冠醚的二氯甲烷溶液与硫化钠的水溶液超声混合，形成水包油乳液体系，然后加热在乳滴内部原位生成硫化铜纳米颗粒，硫化铜纳米颗粒自组装成纳米颗粒聚集体后嵌入全氟冠醚中，得到多功能含氟硫化铜纳米探针。本发明制得的多功能含氟硫化铜纳米探针不仅具有良好的光热性能，其等离子体共振吸收峰位于1064纳米处，在生物体透明窗口，可显著提高光的穿透深度，适合深度组织的光热成像与光热治疗；而且探针中的氟元素还能用于活体深度组织的¹⁹F磁共振成像检测，几乎无背景干扰，可直接用于¹⁹F磁共振成像以及肿瘤的光热治疗。