本发明涉及一种药食同源中药玉竹的重金属概率风险评估方法及系统。所述方法包括：建立慢性暴露评估模型；采用经验分布拟合方法获取待评估中药中待评估重金属的浓度以及待评估中药的摄入量和摄入频率，据此采用慢性暴露评估模型计算待评估中药中待评估重金属的日暴露量，从而计算待评估中药中待评估重金属的慢性暴露非致癌风险熵、联合非致癌风险熵、慢性致癌风险熵以及联合致癌风险熵以进行风险评估。本发明方法对药食同源根茎类植物玉竹在药用和药膳两种使用情况下进行多种重金属暴露量估计以及非致癌和致癌的概率风险评估，解决了在风险评估中的不确定问题，提高了中药风险评估的准确性。