本发明涉及一种基于心磁图的睡眠质量监测系统及方法，监测方法包括：S10、借助于监测系统采集目标用户睡眠时间的心磁信号、血氧信号；S20、对心磁信号进行预处理和降噪处理，筛选可用心磁信号时间段并获得中间心磁信号；S30、采用QRS波检测方法和心肺耦合算法对中间心磁信号进行提取，获取用于反应目标用户睡眠质量的特征信号；S40、对血氧信号进行预处理和特征值提取并采用预先训练的机器学习模型筛选能够反应目标用户呼吸事件的时间段；S50、基于筛选的时间段内的血氧信号的特征值和特征信号，获取目标用户的睡眠质量评估结果。上述方法可以时序监测呼吸事件，提高检测准确性与可信度。