本发明涉及一种显微系统以及一种用于操作显微系统的方法，该显微系统包括：‑显微镜，‑支架，该支架用于安装该显微镜，其中，该支架包括至少一个驱动装置以用于移动该显微镜，‑至少一个位置检测装置，该至少一个位置检测装置用于检测至少一个目标物的空间位置，该至少一个目标物能够紧固至身体部分或器械上，其中，该位置检测装置包括具有至少一个标记元件的至少一个目标物、以及用于光学采集该目标物的图像捕捉装置，‑至少一个控制装置，该至少一个控制装置用于根据所检测的目标物的位置操作该显微系统，其中，该位置检测装置被设计为通过评估该图像捕捉装置的二维图像来确定该目标物的位置。