本发明提供一种全自动磁性固相萃取装置，包括样本模块、信息采集模块、X向驱动组件、移液模块、萃取模块、废料模块、耗材模块、试剂模块、底板；样本模块、信息采集模块、X向驱动组件、废料模块设置于底板上；移液模块、萃取模块分别连接于X向驱动组件；耗材模块、试剂模块固定于废料模块；移液模块包括Y向驱动组件、移液Z向驱动组件、移液器；移液Z向驱动组件固定于Y向驱动组件；移液器固定于移液Z向驱动组件；萃取模块设有若干相匹配的磁棒套和磁棒。实现信息采集、移液、加样、萃取为一体的自动化萃取处理，减少人工干预及操作者的劳动强度，避免人工操作引起的误差，重复性好，均一性高，提高萃取效率及检测结果准确性。