本发明属于化工中间体合成技术领域，具体涉及一种连续流反应器合成抗生素中间体的方法。将亚硝酸钠水溶液和醇混合后，与硫酸分别加入连续流反应器I，流出的物料加入溶剂A，经过连续离心分离设备得到亚硝酸酯溶液，该溶液与乙酰乙酸叔丁酯分别加入连续流反应器II，经肟化反应，得到含有肟化物的溶液；将含有肟化物的溶液、催化剂A、氯乙酸甲酯及碳酸钾分别加入卧式动态管式反应器中，经过烃化反应，处理后得到烃化物；将烃化物、催化剂B与溶剂B混合得到混合液、氯气分别加入板式微气泡微通道反应器进行反应，得到头孢克肟侧链开环酸。本发明简单易行，反应速度快、传热传质效率高、反应安全性高、选择性高、后处理方便。