本发明属于肿瘤医学影像分析领域，具体公开了一种基于自编码解码器的医学影像分型方法及系统，其中方法包括训练阶段和检测阶段，训练阶段包括：(1)医学影像数据的预处理；(2)自编码‑解码器模型的建立与训练；检测阶段包括：(S1)医学影像数据的预处理；(S2)将步骤(S1)得到的ROI输入矩阵输入至训练后的自编码‑解码器模型，得到分型输入；(S3)分型聚类。本发明通过对图像处理流程整体设计进行改进，采用自编码解码器，利用自编码器从医学影像原图提取高维特征后再使用解码器还原特征图，利用图像自身特征作为各图训练标签，能够在尽可能少受人为先验知识影响的前提下，利用自学习的方法提升肿瘤医学影像的组学分型效果。