本发明公开了一种适用于工控系统的伪控制指令识别与预警系统及方法，所述系统包括协议解析模块、异常识别模块和模型库更新模块，协议解析模块用于对采集数据包的报文格式进行深度解析和关键字段提取，通过数据包的完整性与合法性校验，对进入异常识别模块的数据包进行初步过滤；异常识别模块用于根据从模型库更新模块中获得的安全通信规则校验库的规则，对进入异常识别模块的数据包进一步校验，识别网络通信中的异常并报警；模型库更新模块通过解析数据包中关键字段及其之间的关系，采用人工梳理与机器学习结合的方法构建并更新安全通信规则校验库。本发明可以检测到伪控制指令并向系统发出预警信号。