本发明提供了一种提取植物细胞核的方法，改进了现有技术方法容易出现问题的步骤。用固定(交联)试剂固定样品，使用匀浆器进行研磨，找到合适的密度梯度离心的Percoll浓度和纯化方法，并全程使用2.0ml离心管进行小体系操作。经实验证实，本方法得到的细胞核核膜完整，杂质少、纯度高，测序质量高；且所用时间短，从组织裂解到得到高纯度的细胞核只需1个小时；还可以反映细胞核内的真实情况；适用于植物不同的组织部位、发育时期、胁迫状态(如热胁迫、冷胁迫、盐胁迫、干旱胁迫等)。本方法还可以应用于bulk或单细胞核染色质可及性分析测序。