本发明提供了一种基于硬件在环的计轴系统电磁兼容仿真方法。该方法包括构造包括软件部分和硬件部分的在环仿真平台；在环仿真平台的软件部分仿真实现计轴系统，在环仿真平台的硬件部分包括计轴系统的真实硬件设备，将所述真实硬件设备接入仿真实现的计轴系统；在环仿真平台的软件部分利用现场环境数据重建信号，还原骚扰源，将电磁骚扰信号施加到仿真实现的计轴系统中，对计轴系统的电磁环境进行分析。本发明方法能在短时间内得到计轴设备不同的工作状况，并且虚拟仪器易调、易测的特性便于模拟不同原理的计轴设备，在对比情况下能全面分析不同原理的计轴设备的电磁环境适应性。