本发明公开了一种基于脑电图的眨眼咬牙判断方法及系统，属于脑电信号处理与特征提取领域，包括：获取从脑电图中提取的参考点集并计算其均值和标准差；将当前数据点和咬牙判断阈值比较得到咬牙状态值，若咬牙状态值满足预设的咬牙状态阈值则输出判断结果为咬牙，否则为未咬牙；获取滑动窗口的当前采集窗口数据并计算其与参考点集均值之差的绝对值，将所述绝对值和参考点集标准差的预设门限比较得到眨眼状态值，将眨眼状态值和预设的眨眼状态阈值比较，若眨眼状态值满足预设的眨眼状态阈值则输出判断结果为眨眼，否则为未眨眼；根据预设的控制因子和当前数据点更新参考点集；利用伪迹信号为BCI在工程控制领域的应用提供可能。