本发明提出的一种基于流量数据的端口扫描识别方法、系统及装置，属于计算机技术领域。所述方法包括：将具有扫描行为的流量数据以每十分钟划分一个时间窗口；在同一时间窗口内，聚合同一源ip地址下目的ip与目的端口相同的数据；判断任一源ip地址的访问数据是否小于预设阈值；并统计此源ip地址的访问信息和相应的目的ip地址的访问信息，作为输入信息；分别通过Snort检测方法、比值计算法、频率计算法计算输入信息并进行集成，得到源ip地址的最终检测分数；判断源ip地址的最终检测分数是否大于判定值；若是，则认定此源ip地址存在端口扫描行为。本发明能够更准确的发现执行扫描操作的主机，将恶意攻击带来的不利后果降至最低。