本发明公开了一种燃料电池系统箱体除湿结构，涉及燃料电池除湿技术领域；为了解决除湿效率低问题；具体包括设置于燃料电池箱体两侧的空气吹扫进气接头与空气吹扫出气接头和设置于车辆车架外壁且与空气吹扫进气接头连接的干燥吹气机构，所述干燥吹气机构包括固定安装于车辆车架外壁的储气罐和通过支架固定于车辆车架外壁的干燥罐，所述干燥罐的进气端连接有进气电磁阀。本发明当出气电磁阀打开时，干燥后的空气通过空气软管二进去空气软管三内，通过空气吹扫进气接头对燃料电池箱体内的使其进行吹扫干燥，从而在吹扫干燥除湿的同时，又防止了吹入空气的湿度对燃料电池箱体内环境的影响，从而提高了除湿的效率。