本发明提供一种应用于超导计算机的可视化软件开发系统及软件开发方法，系统包括客户端、服务器端和超导计算机模拟器；客户端提供运行于浏览器上的集成开发环境，用于接收用户输入的超导计算机配置参数、待开发的软件程序数据和软件开发相关指令，以及向服务器端发送建立连接请求、程序编辑请求或程序编译请求；服务器端接收超导计算机配置参数以及各类请求信息，对超导计算机模拟器进行配置、与客户端之间建立通信连接、调用程序编辑接口对程序数据进行编辑保存，以及对编辑后的程序进行编译，并发送至超导计算机模拟器运行，将运行结果返回客户端输出。本发明利用Web IDE技术实现可视化的软件编辑交互，简化软件开发调试过程，并能够模拟超导计算机的计算特征，提高软件开发调试效率。