本发明属于污水处理技术领域，公开了一种磁性树脂深度处理系统及方法，所述装置包括中心筒、导流筒、外筒、喉管布水装置及稳流装置，所述中心筒位于导流筒内部；所述外筒位于导流筒外部，所述稳流装置设置在导流筒上部；所述中心筒底部为喉管布水装置，并与进水管相连通，进水通过喉管布水装置进入中心筒，所述中心筒内部装载磁性树脂，所述中心筒顶部设有与导流筒连通的开放区；所述导流筒的顶部设为锥体。本发明特有的树脂内循环系统，可保证反应区树脂浓度在恒定范围内；本发明特有的反应区、沉降区、稳流区一体化设计解决了传统磁性树脂反应装置占地面积大、分离效率低、树脂回流动力消耗大、处理水量较小等缺陷。