本发明涉及天线技术领域，特别是一种卫通相控阵天线低轨卫星闭环跟踪方法及系统。该闭环跟踪方法中，先搭建相控阵天线低轨卫星闭环跟踪系统，指向修正模块工作在偏置扫描模式，依据偏置波束角度信息对程序跟踪模块中相控阵天线的指向角度进行修正；闭环跟踪模块接收到零偏置波束和多个偏置波束指向下信噪比补偿模块传输的等效信噪比，并遴选出最大信噪比下对应偏置角度传输给指向修正模块；修正程序跟踪角度控制相控阵天线指向卫星；进而能够有效实现低轨卫星的闭环跟踪，可以避免相控阵天线不同俯仰角度情况下，天线增益不同带来的影响；本发明解决了现有技术中的卫星通信相控阵天线闭环跟踪的问题。