本发明公开了一种长输管网超低负荷安全运行系统及其运行方法，涉及热网技术领域，包括热源点和蒸汽管网，热源点通过蒸汽管网进行蒸汽输送，蒸汽管网末端设有蓄热水箱和放空装置；检测装置，其设置于蒸汽管网上，用于检测蒸汽管网内的蒸汽干度，检测装置上还设置有报警器；疏水装置，其设置于蒸汽管网上。本发明提供的热网自动控制系统可根据水力计算模型对长输超低负荷管网系统及时发出报警(预警)信息，提升超低负荷管网的安全性。