本发明提供一种软土路基结构体系及施工方法，软土路基结构体系包括底基层结构、基层结构、面层结构和导排结构；底基层结构包括地聚物抗滑挡板、地聚物加固软土层、地聚物约束管桩和软土地基；基层结构包括地聚物承载框格、垫层、地聚物混凝土衬垫层、改性粘土夯实层和地聚物绿植种植槽；面层结构包括地聚物稳定碎石层和沥青地聚物混凝土层；导排结构包括地聚物排水槽和排水沟。本软土路基结构体系采用抗压强度高、早强抗渗性能好、耐酸耐碱性强、低碳环保的绿色无机胶凝材料—地聚物制备软土路基结构体系，可实现路基均匀沉降，提高路基边坡稳定性，具备结构简单可靠、耐久性好、生态恢复率高、施工效率快、后期维修费用少的优点。