本发明公开了一种基于多序列磁共振影像的颈动脉不稳定斑块分割方法，包括：(1)获取颈部多序列磁共振图像；(2)将多序列磁共振图像进行配准，得到三维配准图像；(3)将配准图像输入至已构建的U‑net神经网络模型中，得到对应颈部的斑块分割图像；构建U‑net神经网络模型时，根据多序列数对U‑net神经网络模型的通道参数进行修改；以已知配准图像为输入，以对应的斑块掩码图像为结果，构建所述U‑net神经网络模型。本发明通过神经网络模型学习从多序列磁共振图像中自动预测不稳定斑块位置的方法，从而对新的颈部磁共振图像样本进行预测，判断是否存在不稳定斑块并给出具体位置，作为医生诊断的参考，提高医生诊断的效率。