本发明提供一种烟酰胺腺嘌呤二核苷酸的纯化方法，所述纯化方法包括以下步骤：将反应液依次进行固液分离、超滤、阴离子交换树脂处理、纳滤、脱色和干燥，得到高纯度烟酰胺腺嘌呤二核苷酸。本发明提供的烟酰胺腺嘌呤二核苷酸的纯化方法，在阴离子交换树脂冲洗和洗脱的过程中均采用纯化水，无需有机溶剂进行冲洗和洗脱，更绿色环保，成本更低；洗脱液浓缩后只需真空冷冻干燥，与析晶方式相比，产品收率高，产品中无化学试剂残留，产品质量更好；本发明提供的烟酰胺腺嘌呤二核苷酸的纯化方法具有工艺操作简单，收率高，产品质量好，绿色环保，成本低的显著优势。