本申请提供一种碎片空间整理方法、装置、设备及存储介质，涉及大数据技术领域，用于在同等底层持久化存储空间的情况下存储更多数量的文件，以及在不停止其它应用的情况下保证文件数据的一致性和安全性。该方法包括：对具有碎片空间的第一存储块进行有效数据合并，且将合并后的数据存储至第二存储块中，更新所述第二存储块对应的第一文件索引集合；其中，所述有效数据为所述第一存储块中被文件索引引用的数据，所述第一文件索引集合中包含所述第二存储块中存储的各个数据各自对应的文件索引；若确定当前时刻所述第一存储块不被文件索引引用，则删除所述第一存储块。