本发明提供了一种疫情数据报送方法及系统，涉及数据处理技术领域，所述方法包括：向若干个预设的业务子系统分发数据指令，以通过所述业务子系统的业务承办人根据所述数据指令收集与之对应的疫情数据；获取所述业务子系统的标识信息，接收经所述业务子系统上传的疫情数据；对经所述业务子系统上传的所有的疫情数据进行数据处理，得到符合报送要求的报送数据；向一预设的疫情监管系统发送数据报送请求，以建立业务处理系统与所述疫情监管系统的通信连接；将符合报送要求的所述报送数据发送至所述疫情监管系统。本发明能够解决现有技术中基于多个excel表格的疫情数据进行数据处理时，容易丢失数据、不易汇总的技术问题。