本发明涉及矿井坑道酸性水污染治理技术领域，公开了一种废弃黄铁矿井酸性重金属排水封堵工艺及其结构，其具体步骤包括：1）坑道水文地质调查：根据渗水点位置和渗水量的大小将坑道划分涌水区、淋水区和干燥区；2）对注浆封堵区和完整围岩防渗区的划分：划分为注浆封堵区和完整围岩防渗区；3）配置封堵材料：配置改性抗酸性超细水泥、膨润土；4）封堵坑道：通过高压注浆设备将改性抗酸性超细水泥注入注浆封堵区，将膨润土回填至完整围岩防渗区。本发明通过废弃黄铁矿井的回填，对矿井涌水通道设置针对性的新型封堵结构，在一定程度上减少酸性重金属排水的产生量，实现对废弃黄铁矿井酸性重金属排水减量化的目的。