本发明公开了一种卫星模拟在轨载荷数据获取系统及获取方法，通过数据载入单元载入在轨载荷数据，并将所有的载荷数据传输到相关搜集单元，相关搜集单元接收数据载入单元传输到载荷数据，并对其进行相关搜集，根据相关搜集的相关处理方式，得到冷性数据、要性数据和中性数据；再之后借助存储端的若干个存储库，结合处理器、载分库将所有的冷性数据、要性数据和中性数据分类存储到存储端内，具体存储是根据数据的重要性，将其加密或者隐藏的方式来实现。通过本发明的若干个存储库，能够对不同形式的载荷数据进行不同方式的存储，优化存储方式便于后续提取，同时也能对关键数据进行基本的隐藏区分。