本发明公开一种高通量抗污染复合纳滤膜及其制备方法。所述纳滤膜包括聚砜基膜，位于基膜上的聚酰胺分离层和位于分离层上的改性层；其中，所述分离层由含有多元胺的水相与含有多元酰氯和侧链双端型环氧改性硅油的有机相通过界面聚合反应制成；所述改性层是通过多羟基一元酸溶液在分离层表面反应而成。环氧改性硅油直接参与界面聚合，在聚酰胺网络构筑有效水通道，可有效提高膜通量，未反应环氧基团与酰氯水解生成的羧基和多羟基酸的羧基反应，使膜整体趋向电中性，且亲水性提高，可显著提高纳滤膜的抗污染能力。