本发明涉及一种带悬浮补偿的多点变频交替同步顶升液压控制系统及方法，用于控制多组千斤顶进行交替同步顶升，包括：与各组千斤顶对应设置的顶升动力泵组；连接在对应的顶升动力泵组和千斤顶之间的交替控制阀组；连接在所述交替控制阀组与对应的千斤顶之间的换向阀组；与各千斤顶均连接的悬浮补偿泵组。本发明通过顶升动力泵组对各组千斤顶提供驱动力，能够满足各组千斤顶的交替同步顶升作业要求，在千斤顶顶升到位带载悬停时，通过悬浮补偿泵组对千斤顶进行实时动态压力补偿，确保为失压的千斤顶及时的提供压力补偿，为带载悬停的千斤顶提供在线补偿压力的安全控制，提高了交替同步顶升施工的安全性。