本发明公开了一种POS机终端应用分级管控方法及系统，本发明涉及对POS机终端管理系统中各个实体分级及应用安装管控方法，特别涉及POS机终端管理系统虚拟分级和Android应用安装管控方法；所述方法包括：生成第一证书；基于第一证书生成第二证书；基于第一证书签发第三证书；基于第二证书及第三证书进行终端初始化；基于第一证书生成第四证书；对应用程序包进行签名；验证签名安装应用程序包；所述分级管控包括：用户级、管理员级、超级管理员级；代理商向厂商订购了一批终端后，新增一个用户代理商可以直接从库存中分发无需经过厂商；该技术方案实现厂商、代理商、用户分级管理，提高了代理商出货速度降低库存风险，降低厂商和代理商的终端维护成本。