本发明提供了一种天然气管道远维控制系统健康度评价方法及系统，其中，所述方法包括：获得系统运行历史数据，并行训练健康度评价子模型，使用得到的各个判别器作为分类器分别对各硬件对应的测试集进行分类，根据分类结果与测试集对健康评价子模型进行性能验证和优化，获得最终健康度评价子模型；获得各硬件健康评价结果，进行等级离散处理获得离散结果，进行整体模型训练得到系统整体健康度评价模型，进行系统健康度评价。解决了现有技术中存在对远维系统的健康度评价过程中各个健康度等级的样本数据分布存在较严重的不平衡现象，并且无法保证生成的样本与原样本分布的一致性，健康度评价的准确性和可靠性较低的技术问题。