本发明公开了基于复合潮流追踪的输电损耗分配方法及系统，涉及输电损耗分配技术领域，其技术方案要点是：确定上游方向中与负荷节点直接关联的结束线；基于潮流计算结果和比例共享原则分别确定结束线的送端节点、受端节点从负荷节点处获得的提取向量，每一个提取向量均包括有功和无功的提取因子；根据结束线的送端节点、受端节点的提取向量计算得到负荷节点对相应结束线产生的输电损耗，输电损耗包括有功和无功的功率损耗。本发明在计算时同时考虑了有功功率、无功功率以及复合功率损耗，不需要对发电和负荷之间的馈电路径进行穷举搜索或预先确定，亦不需要矩阵求逆，大大减少了计算量。