本发明公开了一种禁区通行证以通行管理方法和系统，其中，所述方法包括：获取用户登录信息，并对该登录信息进行验证；获取用户的通行证申请资料，所述通行证申请资料包括：车辆信息、个人信息以及禁区通行申请路线信息；对用户的通行证申请资料进行审批，并且将审批结果通知用户；在审批通过的情况下，将通行证申请资料无线共享至通行禁区所属管辖区域的电子通行证管理中心平台内；在禁区的各个路口处对通行车辆的车辆信息进行获取与验证。该方法克服现有技术中的禁区通行证管理的合理性不够，以导致工作效率低下，而且无法对禁区通行的车辆进行有效地预警和管制，以造成禁区道路交通仍然存在拥堵现象，甚至还存在很多安全隐患的问题。