本发明公开了一种双控多档位球阀控制系统及控制方法。所述控制系统包括单片机控制模块、主电路驱动模块、控制模块、电源模块、反馈预警模块与状态显示模块。主电路驱动模块包括整流桥、由4个NMOMS管构成的全桥驱动电路、驱动芯片IR2101。单片机控制模块采用STM8芯片，与主电路驱动模块、控制模块、反馈预警模块、状态显示模块相连接。状态显示模块选用五个霍尔开关，用以确定阀芯所在位置。本发明针对多档位的阀芯转动，选择了霍尔开关和线选法结合的方案，可在低成本下达到高精度控制的效果，并且能监测阀芯的实时位置；采用4个NMOS管全桥配合IR2101的方案，可有效避免阀芯启动时产生瞬时大电流的影响。