本发明涉及一种河口区行蓄洪约束下的湿地功能修复系统，包括进水单元、出水单元、强化净化区和自然净化区；进水单元包括进水口门、进水沉淀塘、配水干渠和进水干渠，进水口门引入河段水体，进水沉淀塘沉淀进水的泥沙后由配水干渠配送，进水干渠引导配水干渠内水体进入强化净化区；强化净化区的多水田活水链湿地接收进水干渠来水，净化后将水体引入自然净化区；自然净化区共有7种生境；出水单元包括出水干渠和出水口门，出水干渠引导自然净化区内水体进入出水口门，出水口门抽排水体进入河流或湖泊。本发明可提高河口湿地蓄滞洪水的功能，提高湿地自适应、自恢复和自调节的能力，在净化水质的同时修复湿地，构建健康的湿地生态系统。