本发明涉及数据处理技术领域，具体涉及一种基于图数据库的多种数据源联合查询方法及系统，本发明对每个服务器配置有一个图形数据库，每个数据库中建立一个实例，每个实例的数据之间互不影响，并且，每个实例所构建的关系网络的数据类型不同。本发明构建的关系网络是由各个节点对象和各个节点对象之间的关联关系构成，在关系网络中，将每个节点对象作为一个顶点，顶点与顶点之间通过连线连接，顶点与顶点之间的连接关系代表与顶点对应的两个节点对象之间的关联关系，等各顶点与各顶点之间的关联关系构成一个知识图谱。本发明通过对图数据库的查询方法的分解，并结合多平台多个的联合查询优化，提升查询效率。