本申请提供一种卫星在轨软件重构方法、卫星系统及地面运控系统，对于大型重构软件，本申请可以通过地面运控系统将重构文件拆分成多个子文件，每次选择1个文件上注，进而，卫星系统基于上注数据进行软件重构，提高卫星在轨软件重构效率。而且，本申请对平台单机与载荷单机进行区分处理，考虑不同单机的个体差异，地面上注的载荷重构数据经过卫星系统中的测传一体机直接路由给目标载荷单机，地面上注的平台单机重构数据首先经过测传一体机路由给星务计算平台，然后由星务计算平台路由给目标平台单机，解决了载荷单机及平台单机的重构问题。