本发明公开了一种具备菌群平衡与修复功能的生物酶芯片的制备方法，包括如下步骤；步骤1，对芯片基片进行处理并制备成模板，且在模板上涂抹生物酶物质，作为生物酶芯片基底材料；步骤2，基底材料的上表面形成亲水涂层，且在基底的下表面形成疏水涂层；步骤3，在对应的疏水涂层上面布置蚀刻掩膜，并且处理疏水涂层的其它区域，保持其自然老化；步骤4，将老化后的材料取出，然后用缓冲溶液冲洗，氮气干燥，得到具备菌群平衡与修复功能的生物酶芯片。本发明工艺整体步骤简单，成品效率高达95％以上，具备并提高具备菌群平衡与修复功能的可靠性；另外本发明利用的原料低廉易得，制备方法简单方便，具有大规模工业化生产的前景。