本发明涉及一种热力杀菌釜水处理自动控制系统及方法，所述系统包括：取样模块，监测模块和控制模块；通过取样模块分别进行热水和冷水取样，并设置监测模块分别对取样热水和取样冷水中的在线荧光信号进行监测；通过控制模块分别根据热取样水的在线荧光信号控制是否向热水区中投加复合型药剂以及根据冷取样水的在线荧光信号控制是否向冷水区中投加复合型药剂；同时，还通过监测模块对冷水取样水的余氯信号进行监控，并通过控制模块根据余氯信号控制是否向冷水区中投加氧化性杀菌剂。本发明上述方案同时对热水区和冷水区进行监测，无论热水或冷水任何一方的水质出现恶化的情况时，均采取相应措施来缓解腐蚀，进而大幅提高杀菌釜水处理效果。