本发明提供土壤菌相预测智能施肥系统及其施肥装置，涉及农用机械领域。该土壤菌相预测智能施肥装置，包括底板，所述底板的上方设置有容器，在容器的下端固定连接有三通阀，三通阀下部一个管口连接有套筒，且该管口连接于套筒的侧壁，套筒的固定连接于底板的前部，套筒的中部穿插设置有插杆，插杆上设置有滑动段，滑动段的中部设置有滑轨，滑轨上滑动设置有推杆，推杆的上端固定连接有齿面柱，插杆的上端固定连接有第二液压缸，齿面柱的上部设置有第三液压缸；本发明所提出的智能施肥系统，包括建立土壤菌群模型、确定菌群增殖影响系数和预测土壤菌群变化。本发明通过采用插杆的方式，可实现定深定量施肥。