一种数据存储保护方法及系统，包括主机系统和存储固件，其中存储固件的存储区域包括受保护区域和非保护区域，方法包括：主机系统与存储固件建立元数据和关键数据的传输协议；主机系统判断写入存储固件的数据是否为元数据或关键数据；若写入存储固件的数据为元数据或关键数据，主机系统根据传输协议向存储固件发送写入命令，存储固件根据写入命令将数据写入存储固件的受保护区域；若写入的数据不为元数据或关键数据，存储固件根据写入命令将数据写入存储固件的非保护区域。本申请将元数据、关键数据的存储通过主机系统和存储固件协商来确定，使元数据和关键数据能够准确的存入受保护区域中，保障重要数据的存储安全。