本发明公开了一种磁力联轴器温度控制系统及采用其的磁力泵，磁力联轴器温度控制系统包括磁力联轴器、温度控制系统；磁力联轴器包括外转子、内转子、金属隔套；温度控制系统包括第一温度传感器、第二温度传感器、控制模块、冷却模块，第一温度传感器、第二温度传感器分别与控制模块连接，控制模块与冷却模块连接，内外转子中的磁钢磁耦合，金属隔套设置于内外转子之间；在磁钢于金属隔套上的投影面扫掠过的区域轴向外侧上由近及远设置第一温度传感器和第二温度传感器，控制模块根据检测得到的检测温度以及相应预设距离控制冷却模块的启闭，以对金属隔套进行降温。本发明温度检测精度高，实现了温度控制系统的冷却能力与电涡流的发热功率相适配。