本申请公开了一种医疗订单处理方法、对账系统及计算机可读存储介质，该方法包括：获取业务系统生成的交易流水单；基于所述交易流水单调用商户端的第一接口，获取在所述商户端中所述交易流水单的第一缴费状态；在所述第一缴费状态为已缴费的状态时，基于所述交易流水单调用医院管理系统的第二接口，检验所述医院管理系统中是否存在与所述交易流水单对应的订单；若否，调用所述医院管理系统的第二接口，写入所述交易流水单对应的订单。本申请的医疗订单处理方法能够凭借交易流水单获取缴费人员的缴费状态，并在缴费人员缴费成功但医院管理系统无对应订单的情况下，将缴费人员的该订单写入医院管理系统。