本发明公开了一种基于安全网关的密文搜索方法、装置及其系统，该方法包括：接收用户端的上传请求；对应用数据进行加密，由第一应用服务器存储加密密文，并返回加密密文标识符；提取应用数据的关键词，并构建对应的索引并进行加密，由第二应用服务器存储索引密文，并返回索引密文标识符；将索引与索引密文标识符以及加密密文标识符进行关联；接收用户端的查询请求，将搜索关键词变换为对应的索引密文，并向第二应用服务器发起查询请求；根据第二应用服务器返回对应的索引密文标识符，得到加密密文标识符；使用加密密文标识符向第一应用服务器发起请求，得到对应的加密密文，并将加密密文返回用户端。本发明解决了密文的可搜索性和安全性问题。