本发明公开了一种病理样本自动化管理系统。所述系统，包括：仓库管理模块，用于对仓储环境中的实体进行可视化建模，得到仓储环境模型；归档管理模块，用于为待接收的病理样本分配仓储环境模型中的存储位置，并生成样本管理信息；借出与归还管理模块，用于对已在仓储环境模型中分配存储位置的病理样本进行借出与归还管理，生成借出记录信息和归还记录信息；样本查找模块，用于对仓储环境模型中的存储位置进行可视化展示，以及基于待查找的病理样本在仓储环境模型中的存储位置和操作人员所处的位置，生成导航路径，以取放待查找的病理样本。本发明能提高管理效率、避免标本丢失，从而实现对病理样本的有效管控。