本发明提供一种可设置任意时序和频率的声光调制器的驱动方法，该方法包括如下步骤：S1：预设包含有多个控制节的频率控制参数，并根据声光调制器的工作执行过程，顺序排列各控制节；S2：响应于控制指令，获取频率控制参数中的第一位控制节；S3：根据当前获取的控制节输出相应频率并维持相应时间；S4：获取频率控制参数中的下一位控制节并重复步骤S3，直至最后一位控制节被执行完毕。本发明可通过一台声光调制器实现多种光频率的改变，显著降低量子精密测量光路的复杂度，同时可满足量子精密测量过程中对频率时长、精度及稳定性的要求。