本申请提供一种故障检测系统、故障检测方法、电子设备及存储介质，该故障检测系统包括：多个待检测板包括红外发射板、红外接收板和主板，主板包括第三串口和处理器；检测装置，用于检测多个待检测板中红外信号对应的多个第一检测信息；处理器用于：当第二串口与第三串口电连接时，控制检测装置检测多个待检测板中红外信号对应的多个第一检测信息；将多个第一电平值与第一预设电平阈值进行比对，并从多个第一电平值中确定小于第一预设电平阈值的第一目标电平值；根据第一目标电平值确定第一目标信号来源，并将第一目标信号来源对应的待检测板作为目标故障区域。该故障检测系统通过串口的连接实现检测功能，无需拆机，提升了故障检测效率。