本发明公开了一种复合微生物土壤修复剂及其制备方法，该复合微生物土壤修复剂是由以下重量份数的原料组成：10‑18份复合微生物菌剂、30‑70份有机质和10‑25份无机原料；所述的复合微生物由以下重量比的微生物组成：0.5‑5份枯草芽孢杆菌、0.5‑5份地衣芽孢杆菌、0.3‑4份胶冻样芽孢杆菌、0.2‑3份巨大芽孢杆菌和0.2‑3份淡紫紫孢菌；所述的有机质为农作物废弃物；所述的无机原料为海泡石、麦饭石和磷灰石的混合物；该复合微生物土壤修复剂具有良好修复重金属污染土壤的作用，在改善土壤理化性质以及修复土壤污染方面具有显著效果，对重金属污染土壤的修复率达到了50%以上，且可显著提高农作物的产量。