一种基于二维离散余弦S变换的电能质量扰动识别方法，包括以下步骤：步骤S1：将需要识别的一维电能质量扰动信号转换成二维图像矩阵；步骤S2：对转换成二维图像矩阵后的扰动信号应用二维离散余弦S变换方法，生成振幅矩阵；步骤S3：提取振幅矩阵中基于统计、能量和图像的特征；步骤S4：再使用多目标优化算法第二代非支配排序遗传算法生成特征中最相关的特征组；步骤S5：采用机器学习支持向量机分类器进行分类。本发明克服了现有技术的不足，能够准确高效识别17类电能质量事件，并且有较好的抗噪性，同时对复合扰动也有较高的分类准确率，为电能质量扰动分类问题提供了新的方法。